Klawiatura z F1–F4 i HELP
1200XL otrzymał 64 KB RAM oraz klawiaturę z dodatkowymi klawiszami F1–F4 i HELP. Funkcje systemowe pozwalają m.in. zablokować klawiaturę i przełączyć zestaw znaków, a ich stan pokazują kontrolki L1 i L2. Komputer ma dwa porty kontrolerów. Pojedyncze gniazdo kartridża znajduje się z lewej strony obudowy.
Ekran startowy i BASIC
Bez programu startowego komputer wyświetla barwne logo Atari. W ROM-ie są testy pamięci, obrazu, dźwięku i klawiatury, lecz nie ma interpretera BASIC. Podobnie jak w 400 i 800, do programowania w Atari BASIC potrzebny jest kartridż.
Nowy system i brak PBI
Zmiany w systemie operacyjnym 1200XL powodowały kłopoty ze starszymi programami, które odwoływały się bezpośrednio do wewnętrznych procedur ROM-u. Większa pamięć RAM nie rozwiązywała tych problemów.
Z tyłu komputera są SIO, wyjścia RF i monitorowe oraz gniazdo zasilania. Brakuje magistrali PBI, którą otrzymały późniejsze 600XL i 800XL. Zewnętrzną stację dyskietek lub magnetofon podłącza się przez SIO.