Wybór komputera
Ustawienia obejmują model Atari, ilość RAM, system operacyjny i standard PAL/NTSC. W wydaniu SDL menu otwiera F1. Przełączniki wiersza poleceń pokazuje -help; ich dostępność zależy od kompilacji emulatora.
Pliki i stan emulacji
Stan emulatora zachowuje całą sesję, łącznie z pamięcią i uruchomionym programem. Do przeniesienia programu na Atari lub do innego emulatora służy zapis w jego zwykłym formacie, np. BAS albo XEX. Obraz ATR przenosi całą dyskietkę wraz z katalogiem i plikami.